नेपालको आर्थिक बिकासमा कृषि क्षेत्र अन्र्तगत बागवानी उपक्षेत्रको महत्वपूर्ण योगदान हुने बिषयलाई दृष्टिगत गरी बागवानी सुधार, प्रबद्र्धन, अनुसन्धान एवं विस्तार गर्ने उद्देश्यले बिक्रम सम्बत २०१९ सालमा काठमाण्डौको कीर्तिपुरमा तत्कालिन श्री ५ को सरकार र भारत सरकारको संयुक्त प्रयासमा काठमाण्डौ अनुसन्धान बगैंचाको नाममा स्थापना भएको थियो । वि.स. २०२० सालमा यसलाई बागवानी अनुसन्धान केन्द्र, कीर्तिपुर नामाकरण गरियो । देशको चौतर्फी बिकासमा बागवानी बिकासको अपरिहार्यतालाई महसुश गरी मध्य पहाडी भागमा द्रुत गतिले फलफूल खेति सम्वन्धि अध्ययन, अनुसन्धान एवं उत्पादनतर्फ लक्षित गरियो । कृषि तथा सहकारी मन्त्रालय तथा कृषि विभाग अन्तर्गतका सवै अनुसन्धान आयोजनाहरुको योजना कार्यान्वयन, अनुगमन र सुपरिवेक्षण सम्वन्धि कार्य (राष्ट्रिय कृषि अनुसन्धान तथा सेवा केन्द्र) हालको नेपाल कृषि अनुसन्धान परिषद खुमलटारवाट गराउने गरी मिति २०४४/७/२५ मा तत्कालिन श्री ५ को सरकार मन्त्रिपरिषदको निर्णयानुसार मिति २०४४/९/१७ देखि यस केन्द्रलाई उक्त परिषद अन्तर्गत राखिएको थियो । आ.ब. २०४६/०४७ मा यस केन्द्रको नामाकरण राष्ट्रिय बागवानी अनुसन्धान कार्यक्रम गरी तदनुसार यस कार्यक्रम अन्र्तगत गरिने कार्यक्रमको लक्ष्य तथा कार्यक्रमहरु बढी अनुसन्धान मुलक क्षेत्रमा प्राथमिकता दिईयो । पुनः मिति २०४९/४/१ देखि यस कार्यालयलाई कृषि विकास विभाग (हाल २०५२/४/१ देखि कृषि विभाग) अन्तर्गत राखी बागवानी केन्द्र, कीर्तिपुरको नामबाट कार्यक्रमहरु संञ्चालन हुँदै आई रहेकोमा बि.स. २०६१ साल बैशाख महिना देखि लागु भएको नयाँ बिभागीय संरचना अनुसार यस केन्द्रलाई केन्द्रीय स्तरको प्राथमिकतामा राखी केन्द्रीय वागवानी केन्द्र, कीर्तिपुर नामाकरण गरिएको थियो । वर्तमान परीपेक्षमा देश संघीयतामा गएसँगै यो केन्द्र संघ अन्र्तगत रहेको र यसको नाम केन्द्रीय वागबानी केन्द्रबाट परिवर्तन भई समशितोष्ण वागबानी केन्द्र भएको छ।
आर्थिक वर्ष २०४३/०४४ देखि २०५५/०५६ सम्म वाह्र वर्ष यस केन्द्रको करिव ८ हेक्टर क्षेत्रफलमा जापान सरकारको सहयोगमा बागवानी विकास आयोजनाले विभिन्न हिउँदे फलफूलको (नास्पाती, अङ्गुर, हलुवाबेद, कटुस, आदि) तथा सुन्तलाजात फलफूल (सुन्तला, जुनार, आदिको) अध्ययन अनुसन्धान तथा परिक्षणका कार्यक्रमहरु संञ्चालन गर्यो भने उक्त आयोजना आ.ब. २०५६/५७ देखि समाप्त भएको हुनाले आ.व. २०५७/५८ देखि उक्त आयोजनाले संञ्चालन गर्दै आएको सम्पुर्ण कार्यक्रमहरु समेत यसै केन्द्रले नियमित कार्यक्रम अन्तर्गत सञ्चालन गरी अध्ययन, परिक्षणका कायहरुलाई निरन्तरता दिदै आईरहेको छ ।
यस केन्द्रले मुख्य रुपमा बिगत बर्षहरुमा संकलन गरेको हिउँदे तथा सुन्तला जात फलफूलका उन्नत तथा स्थानिय जातहरुको जातिय संबद्र्धन तथा संरक्षण गर्ने, कलमी बिरुवा तथा बिरुवाहरुको उत्पादन तथा बिक्री बितरण गर्ने, बाह्य सेवा मार्फत प्रबिधि प्रसार तथा सिप बिकासमा सहयोग गर्ने, फलफूल खेति बिषयक बिभिन्न स्तरको एक हप्ते तालिमहरु सञ्चालन गर्दै आएको छ । यसका साथै यस केन्द्रले वाह्य सेवा कार्यक्रमलाई सुचारु रुपले सञ्चालन गर्न बिभिन्न जिल्लाहरुको निरिक्षण भ्रमण गरी व्यवसायिक रुपमा फलफूल खेती गर्ने कृषकहरु तथा फलफूल नर्सरी धनीहरुलाई प्राविधिक सेवा पुर्याउने, माटो परिक्षण, रोग कीराको पहिचान तथा फलफूलको गुणस्तर विश्लेषण गर्ने र on the Job Training का विद्यार्थीहरुलाई व्यावहारिक शिप सिकाउने कार्य समेत सञ्चालन गर्दे आएको छ ।